Wenn sich Menschen auf die Flucht begeben, setzen sie sich unweigerlich verschiedenen Gefahren aus. Hierbei kann zwischen Gefahren zu Land und zu Wasser unterschieden werden. Auf dem Wasser ist die größte Gefahr ein Schiffsbruch. Laut einer Befragung des Instituts für Arbeitsmarkts- und Berufsforschung gaben 25% der befragten Flüchtenden, die zwischen 2013 und 2016 nach Deutschland gekommen sind, an, dass sie Schiffbruch erlitten haben. Weiterhin ist die Gefahr zu ertrinken sehr hoch. Viele Flüchtende können nicht schwimmen und haben auch keine (oder defekte) Schwimmwesten. Viele Boote, die sich auf die gefährliche Überfahrt begeben, werden allein (also ohne einen ortskundigen Steuermann) losgeschickt. Dadurch ist die Gefahr von Orientierungslosigkeit, die wiederum die Gefahr des Verdurstens erhöht, weil Nahrungsmittel und Wasser knapp sind, sehr hoch. Die Boote sind fast immer überladen, sodass sich viele Menschen zusammendrängen müssen. Dadurch haben Krankheitserreger die Möglichkeit, sich schnell auszubreiten.
Andere, aber nicht weniger gravierende Gefahren bestehen auf der Flucht zu Land. So gaben 40% der Befragten in der oben erwähnten Umfrage an, Opfer von körperlicher Gewalt geworden zu sein. Jeder Fünfte wurde auf der Flucht ausgeraubt. Besonders die weiblichen Flüchtenden müssen auf der Flucht mit Übergriffen rechnen. So gaben 15% an, zusätzlich noch Opfer sexueller Gewalt gewesen zu sein. Weiterhin müssen viele Flüchtende (besonders in Libyen) mit willkürlicher Verhaftung rechnen und oft lange Zeit in ghettoartigen Lagern leben.